最初にSAIを起動する時は管理者権限を持ったユーザーとしてSAIを実行する必要があります。Windowsのバージョンに応じて下記の方法でSAIを起動してください。

・Windows 2000/XP
コンピュータの管理者のアカウントでログオンしてからSAIを起動する。
もしくは、SAIのショートカットかsai.exeを右クリック→[別のユーザーとして実行]→管理者のユーザー名とパスワードを入力

・Windows Vista/7
SAIのショートカットかsai.exeを右クリック→[管理者として実行] (→制限ユーザーの場合は管理者のユーザー名とパスワードを入力)

管理者のユーザー名とパスワードが分からない場合はそのコンピュータを管理している方に問い合わせてください。

Ver.1.1.x系で発生します。
SAIをウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールしたために、SAIの構成ファイルが削除されてしまったものと思われます。

問題の詳細
ウェブブラウザのキャッシュフォルダ内にあるファイルは定期的に削除されます。よってウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールされたSAIは定期的に削除されます。また、キャッシュフォルダ内のプログラムはセキュリティ保護のために実行に制限が付きます。

インストーラの起動時、「SAIをインストールするフォルダ」はインストーラが置かれたフォルダに設定されます。SAIのダウンロードリンクから直接インストーラを実行した場合はインストーラがウェブブラウザのキャッシュフォルダから起動されるため、「SAIをインストールするフォルダ」がウェブブラウザのキャッシュフォルダになり、そのままインストールを実行してしまうとSAIはウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールされます。

解決方法
自分で作成したオンラインソフト用のフォルダなどのウェブブラウザのキャッシュフォルダ以外の場所にSAIをインストールし直してください。

この問題の意味が理解できない場合は下記の手順でSAIを再インストールしてください。

　1. 「ペイントツールSAIのダウンロード (フルセット)」からダウンロードしたインストーラを起動する
　2. [SAIをインストールするフォルダ：]という入力欄に"C:\PaintToolSAI"と打ち込む
　3. [実行]ボタンを押す
　4. SAIのユーザーライセンスを持っているならもう一度ユーザーライセンス証明書の設置作業を行う

ウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールしていないのに突然試用期間に戻った場合
この場合はシステムIDに変化によりライセンス証明書が認識できなくなって試用期間に戻った可能性がありますので下記をご覧ください。
Q.ユーザーライセンス証明書をインストールしてあったのに突然試用期間表示がされるようになりました

日本語入力に「Baidu IME」を使っていると「sai.exeは動作を停止しました」となってSAIが起動しなくなります。解決方法は下記のページをご覧ください。

参考：
Q.SAIを起動しようとすると「sai.exeは動作を停止しました」となって起動しません

もう一度SAIをインストールしてください。ユーザーライセンスをお持ちの場合はライセンス証明書のダウンロードも行ってください。なお、再インストール時にウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールしないように注意してください。

参考：
ユーザーライセンス証明書のダウンロード
Q.時々SAIが勝手に削除されてしまいます

SAIは Windows 用のソフトウェアです。Macintosh では使用できません。

Ver.1.0.x系で発生します。
考えられる原因は次のいずれかです。

・ソフトウェアパッケージ（"sai-1.0.x.zip"）を展開していない
ソフトウェアパッケージ（"sai-1.0.x.zip"）を「すべて展開（解凍とも言います）」しておらず、圧縮された状態のままで開いていると思われます。Windows XP 以降では sai-1.0.x.zip を右クリックして表示されたメニューから「すべて展開」を実行することで展開することができます。その他のWindowsではZip形式に対応した展開(解凍)ソフトを使って展開してください。

・上書き更新用のソフトウェアパッケージ（"sai-1.0.xupd.zip"）をそのまま使用している
上書き更新用のソフトウェアパッケージ（"sai-1.0.xupd.zip"）にはブラシ等のツールやテクスチャ類が含まれていません。また、ツールフォルダが存在しないのでツールの設定が保存されません。フルセットと書かれたソフトウェアパッケージをダウンロードしてください。

Ver.1.0.x系で発生します。
ソフトウェアパッケージ（"sai-1.0.x.zip"）を「すべて展開（解凍とも言います）」しておらず、圧縮された状態のままで開いていると思われます。Windows XP 以降では sai-1.0.x.zip を右クリックして表示されたメニューから「すべて展開」を実行することで展開することができます。その他のWindowsではZip形式に対応した展開(解凍)ソフトを使って展開してください。

Windows XP SP2以降で、ネットワークからダウンロードしたファイルを実行しようとした際に表示されるセキュリティ警告です。下記の手順で解除できます。

1. SAIのフォルダを開く
2. ファイル名 sai.exe または sai (種類：アプリケーション)を右クリック
3. メニューから[プロパティ]を選択
4. [全般]タブの下の方にある[ブロックの解除]ボタンを押す

SAI Ver.1.1.x系の場合
SAIをウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールした場合に発生します。
下記の文書をご覧ください。
Q.「発行元を確認できませんでした。このソフトウェアを実行しますか？」と表示されます (Ver.1.1.x)

Windows XP SP2以降では、ネットワークからダウンロードしたヘルプファイルは表示できないようにブロックされます。下記の手順で解除できます。

1. SAIのフォルダを開く
2. ファイル名 help.chm または help (種類：コンパイル済み HTML ヘルプファイル)を右クリック
3. メニューから[プロパティ]を選択
4. [全般]タブの下の方にある[ブロックの解除]ボタンを押す

SAI Ver.1.1.x系の場合
SAIをウェブブラウザのキャッシュフォルダにインストールした場合に発生します。
下記の文書をご覧ください。
Q.ヘルプファイルの中身が表示されません (Ver.1.1.x)